Flaubert commence le roman en 1851 et y travaille pendant 5 ans, jusqu’en 1856. À partir d’octobre, le texte est publié dans la Revue de Paris sous la forme de feuilleton jusqu’au 15 décembre suivant. En février 1857, le gérant de la revue, Léon Laurent-Pichat, l’imprimeur et Gustave Flaubert sont jugés pour « outrage à la morale publique et religieuse et aux bonnes mœurs ». Défendu par l’avocat Jules Sénard, malgré le réquisitoire du procureur Ernest Pinard, Gustave Flaubert est blâmé pour « le réalisme vulgaire et souvent choquant de la peinture des caractères »22, mais est finalement acquitté notamment grâce à ses soutiens dans le milieu artistique et politique, la notoriété de sa famille et la plaidoirie de son avocat23. Le roman connaîtra un important succès en librairie.
Honoré de Balzac avait déjà abordé le même sujet dans La Femme de trente ans en 1831 sous forme de nouvelle-roman qui parut en 1842 dans l’édition Furne de La Comédie humaine, sans toutefois faire scandale.
Le récit débute ainsi. Après avoir suivi ses études dans un lycée de province, Charles Bovary s'établit comme officier de santé et se marie à une riche veuve. À la mort de celle-ci, Charles épouse une jeune femme, Emma Rouault, élevée dans un couvent, vivant à la ferme avec son père (un riche fermier, patient du jeune médecin). Emma se laisse séduire par Charles et se marie avec lui. Fascinée par ses lectures romantiques d'adolescence, elle rêve d’une nouvelle vie, méprisant son mari, délaissant son rôle maternel et elle fait la rencontre d'amants méprisables qui vont faire basculer sa famille.